理论上，洁净室(区)应设置值班风机，在不使用的时候也进行空气净化，使洁净室(区)对外界保持一定正压，防止外界未净化的空气倒灌。但实际上在实验室做这样的配置比较困难，故制订并严格执行周期消毒尤为重要。

可采用臭氧消毒、化学药剂熏蒸、紫外线照射、消毒液喷洒等方法。但无论哪种消毒方式，都存在一定耐药性，因此消毒剂品种应定期更换，且至少要同时考虑两种消毒方式。目前臭氧消毒因具有广谱、高效、操作方便、使用经济、无残留、不会造成二次污染等特点，被广泛用于洁净实验室、空调系统的消毒。尤其臭氧发生器多安装于空调净化系统的初效过滤器和中效过滤器之间，可以对送风和回风的管道系统同时消毒，不留死角，这是其他消毒方式所无法比拟的。

一般而言，在本次使用结束后、下次使用之前，均应用消毒液对洁净室(区)的内表面进行擦拭消毒。另外，在使用期间，应每周使用臭氧消毒2～3次。如果长期搁置不用，在使用前应将消毒液擦拭和臭氧消毒结合使用。